Kiter können erhebliche Störungen im Nationalpark verursachen. Ein einzelner Kiter kann in Minuten Tausende Vögel aus einem kilometerlangen Küstenabschnitt vertreiben. Um insbesondere solche Störungen ruhiger, abgelegener Bereiche durch wenige Kitesurfer zu verhindern, soll das Kitesurfen mit im Rahmen der neuen Befahrensverordnung für die allgemeine Schifffahrt auf ausgewiesene Kitesurfbereiche beschränkt werden.
Im Nationalpark- und Weltnaturerbe Wattenmeer ist Platz sowohl für Pflanzen und Tiere als auch für den Menschen und seine Aktivitäten. Das Zonierungskonzept weist Vorranggebiete für die Natur (z. B. Vogelbrut- und -rastgebiete, Robbenschutzzonen) ebenso aus wie für menschliche Nutzung (z. B. Erholungs- und Badezonen an vielen Orten, Reit- oder Kitebuggy-Gebiete vor St. Peter-Ording). Bei der Formulierung des Nationalparkgesetzes 1985 und der Novellierung 1999 waren Drachensportarten noch weitgehend unbekannt. Mit der Anerkennung hat die UNESCO den Wattenmeer-Anrainerstaaten allerdings auch aufgetragen, touristische Nutzungen so zu regeln, dass deren mögliche Zunahmen die Naturwerte des Wattenmeers nicht beeinträchtigen. Wie andere Sportarten sind auch Kitesurfen oder Kitebuggyfahren Teil dieser Nutzungen. Das Kitesurfen entwickelt sich in den letzten Jahren rasant voran. In den letzten Jahren entstand dadurch im Wattenmeer ein deutlicher Konflikt, da inzwischen die wachsende Zahl von Sportlern teilweise mit Brut- und Zugvögeln um die gleichen Flächen konkurriert. Viele abgelegene Vogelbrut- und -rastplätze und insbesondere Flachwasserbereiche wurden nicht extra als Schutzzonen ausgewiesen, weil sie für normale Erholungsuchende oder Wanderer ohnehin kaum zugänglich waren. Kitesurfer gelangen jedoch in wenigen Augenblicken dorthin. Ein einzelner Kiter kann mit seinem Kite unter Umständen in Minuten Tausende Vögel aus einem kilometerlangen Küstenabschnitt vertreiben.
Die meisten der bis zu 12 Millionen Vögel, die jedes Jahr ins Wattenmeer kommen, sind Zugvögel, die auf den Wegen zwischen arktischen Brutgebieten und südlichen Winterquartieren den besonderen Nahrungsreichtum des Watts nutzen, um hier in möglichst kurzer Zeit ihre Vorräte wieder "aufzutanken". Werden diese Tiere nun gestört erzeugt das erhöhten Stress. Dies wiederum führt dazu, dass nicht in ausreichendem Maße ihre Kraftreserven auffüllen können. Die unmittelbare Folge ist, dass sie den Zug nicht schaffen und auf dem Weg sterben, was zu erheblichen Einbußen der Population führen kann. Im Spätsommer und Herbst absolvieren hier viele auch den jährlichen Gefiederwechsel und können dann zeitweise nicht mehr fliegen. Im Frühjahr nehmen sie auch Fettreserven aus dem Wattenmeer mit in die Arktis, um dort besser auf die Brut und die stark schwankenden Wetterbedingungen vorbereitet zu sein. Viele Vogelarten (insbesondere solche mit sinkenden Beständen) sind existenziell auf ruhige Nahrungs- und Rastflächen angewiesen. Die Vögel im Wattenmeer brauchen ausreichend Raum, um immer genug Nahrung zu finden und zwischendurch zur Ruhe kommen zu können. Auch Orte, an denen unter normalen Bedingungen selten Vögel zu sehen sind, können z. B. bei Sturm oder nach Frostperioden existenziell wichtig sein.
Um insbesondere Störungen ruhiger, abgelegener Bereiche durch wenige Kitesurfer zu verhindern, soll das Kitesurfen mit im Rahmen der neuen Befahrensverordnung für die allgemeine Schifffahrt auf ausgewiesene Kitesurfbereiche beschränkt werden. Dies fördert ebenfalls den Gewöhnungseffekt der Vögel in den betroffenen Gebieten, da sie eine Chance haben, die Störungen als "normal" einstufen zu können. Denn Vögel sind tatsächlich sehr anpassungsfähig und können sich an Nutzungen gewöhnen, das setzt aber voraus, dass diese für sie berechenbar sind.
